目前我国水产养殖中主要面临水污染，一些鱼类的排泄物经分解产生有害元素，或者没有被鱼利用的饵料，这些污染物主要包括重金属，病原菌，溶解性有机物，还有一些悬浮颗粒等等。在循环水产养殖系统中，这些污染物若不能得到有效去除，会危害鱼类的健康，甚至会导致鱼类的死亡，进而引起引起水产养殖生态恶化。
一、优化水产养殖模式，倡导健康生态养殖近年来，由于我国沿海大规模开发，填海造地、违规养殖等现象较为普遍，导致我国部分滨海湿地正迅速消失，其中以红树林、大型海藻场和自然滩涂的破坏最为严重，给海岸带的滨海生态环境带来了巨大的压力。
在太湖、洞庭湖、滇池等内陆水域，蓝藻频繁爆发，水体富养化状况较为严重，水环境状况令人堪忧。因此，为改善养殖水域的环境状况，解决养殖过程中的环境问题，就必须要优化我国现今的水产养殖模式，大力推广环保技术，倡导健康生态养殖。
可持续发展的健康养殖模式既能够提高养殖产量，保证水产品的质量安全，为养殖企业带来较大的经济利益，又能够减少养殖活动对水环境的影响。健康养殖模式要求养殖者根据养殖区域的环境特点。
合理地确定养殖规模、选择养殖品种，科学投饵、投药，提倡在养殖过程中使用有机饲料、绿色渔药，并将水产养殖业与种植业等产业相结合。实现产业内部和产业间的物质有效循环，实现资源的有效利用，从而获得最佳的经济效益和生态效益。
我国应该正确处理养殖生产与环境保护的关系，大力发展健康生态型渔业。第一，要科学规划近海及内陆水域的投饵性网箱养殖规模，凡属保护区水域要逐步退出，退出后的水域可以通过人工增殖放流提高产量，并同时改善水质。
第二，沿岸池塘使用剧毒农药进行消毒、使用化肥肥水养鱼的情况要全面禁止，养殖池塘废水的排放也要符合国家的限定标准，以防止养殖废水对沿岸生态系统造成危害。
第三，要逐步改造工厂化养殖设施、配套水处理设施装备，减少废水的排放，养殖场必须承担清洁生产的重要责任。第四，要大力倡导水产健康养殖模式，在海水养殖方面，积极推广鱼、虾、贝、藻的间养模式，充分发挥生物之间的互利共生作用，有利于水质的净化、并且能够减少养殖活动对环境的污染。
在淡水池塘养殖方面，积极推广循环水池塘养殖系统，通过养、种、畜等相结合的方式，解决自身污染问题，并通过生物净化实现水资源的循环利用，从而只需补充蒸发部分的水量，体现了节水、节能、低污染的特点。
二、加快水产饲料研究，积极推广环保饲料随着我国水产养殖业的迅猛发展，我国水产动物营养与饲料工业近年来取得了较大进步。然而我国在该方面的研究起步晚、投入少、基础相对薄弱，与国外先进水平相比仍然存在较大差距。
我国对于高效配合饲料的研究还相对落后，水产动物营养研究也缺乏一定的系统性。陈旧落后的饲料生产设备不仅制约了我国水产饲料业的发展，更对我国水产养殖业的生产活动以及水环境造成了一定的影响。因此，要开展健康养殖，促进水产养殖业的可持续发展，就必须加强对水产饲料的研究。
第一应加强水产动物营养研究，根据不同水产动物对营养需求的不同，研发适合每种水产动物生长的人工配合饲料。饲料的营养水平能影响水产动物的健康状况，因为营养和免疫密切相关。
所以要加强对不同生长发育阶段（仔稚鱼、幼鱼、成鱼、亲鱼）的水产动物饲料配方的研究，以促进水产动物的健康生长，提高水产动物的免疫力，减少病害的发生。
第二要加快对水产配合饲料的研究。由于生鲜饲料的转化率较低，仅有20%-30%的饲料被水产动物所吸收，剩余的饲料则沉积在水中，不仅造成了饲料的浪费，也会对水环境造成污染。
因此，以人工配合饲料代替生鲜饲料已势在必行，可以借鉴国外发达国家的先进经验。利用现代分子营养技术和饲料工程技术，加快对高效、环保人工配合饲料的研发，以提高我国水产饲料的利用率。
第三应加强对水产动物摄食行为的研究。根据每种水产动物摄食行为的特点，研发出高效的、具有针对性的水产饲料。而且，要加快对高效的促摄食物质的开发。从而提高水产饲料的利用率和水产动物的摄食量，促进水产动物的生长，减少饲料损失、降低水体污染。
第四要加快对水产饲料投喂技术的研发。结合计算机、机械、自动化等相关领域的技术，开发出水产饲料的智能化投喂系统，实现“定点、定时、定量”的自动化投喂模式。这样既能够保证水产动物正常生长的需要，降低人工成本，又能够减少饲料的浪费和对养殖环境的污染。
三、加强环保渔药研究，推广病害防治技术渔药研制是有效控制水产动物疾病的必然要求，也是关系渔药产业发展的根本。在水产养殖业环境问题日益严峻的形势下，应以“三效”(高效、速效、长效)、“三小”（毒性小、副作用小、用量小）为原则，加快对绿色环保渔药的研发，减少药物对水环境的污染，保证水产品的质量安全。
目前我国渔药很大程度上是人、兽药的“移植”，针对性不强，养殖水体及水产品的药物残留现象较为严重，不仅对水域生态环境造成了一定的污染，也会影响到消费者的身体健康。
因此，通过借鉴国内外人、兽药剂型研发的先进经验与先进技术如固体分散技术、微囊与微球技术、纳米颗粒制备技术等。开发符合水产养殖动物特点的水产专用药物、渔用疫苗、微生物制剂、生物渔药以及天然中草药制剂，这将是今后渔药研发重点领域。
此外，在研发环保渔药的同时，还要重视药效评价体系的研究。药效评价应包括施药方法、施药剂量、用药疗程、休药期、药物稳定性、用药效果。
可能产生的毒副作用等药效学和药代动力学、毒理学、养殖环境生态学方面的内容，提供较为科学、准确的临床实验报告。为养殖者及水产技术人员的选药、配药、用药提供科学依据，从而有能够效防治鱼病。
正确、合理地施药对水产动物疾病的控制具有积极作用，而且是水产动物养殖过程中必不可少的一个环节，生产中不乏应用药物治愈水产动物疾病的例子。但传统的药物防治往往会导致环境及水产品的污染，而且在给药不及时、给药途径不合理以及病原耐药性增加等情况下，药物的效果也会受到一定的影响。
而免疫防治不仅对环境无污染，而且具有良好的防治效果。例如，我国研发的“四联土法疫苗”，“草鱼出血病疫苗”已经在防治草鱼疾病方面取得了很好的效果。
但是与国外发达国家相比，我国关于水产动物免疫防治的研究仍然相对落后，尤其是在对寄生虫病和突发性流行性病方面的研究还较为薄弱，缺乏有效的免疫药物，免疫方法和技术还有待改进和提高。
此外，生态防治也具有经济、无副作用的特点。水产动物的病害与水环境的微生态平衡息息相关，病害是否发生往往取决于水环境的状况，而水环境的状况又取决于水体中微生物群落的组成。
因此，要想保持水环境的微生态平衡，改善养殖水域的环境状况，减少病害发生，就必须要加强对微生物群落组成、水体理化因子、微生物制剂方面的研究。
在水产养殖过程中，可以充分发挥有益菌对水质的调节作用，施用光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌等有益菌微生物制剂。能够促进水环境的的微生态平衡，改善养殖水质状况，增强水产动物的免疫力，减少病害的发生。
四、总结规模化水产养殖业的发展及其所带来的环境问题日益严峻，水资源短缺同养殖用水需求加大的矛盾日益突出。研究如何最大程度地实现水产养殖废水的净化，及更多的循环水回用将具有重要意义。
作为实现水产养殖业可持续发展的重要环节，水产养殖废水生物处理技术的作用越来越重要，一些新兴技术在其他废水处理上取得了很好的效果。但在我国水产养殖废水处理上还无经验可循，研究这些技术用于水产养殖废水净化的效果及影响因素显得十分迫切。
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