随着工厂化循环水养殖的发展，各种先进的水处理技术得以广泛应用，如砂滤、微生物净化、紫外线杀菌消毒、泡沫分离等。
但随着工厂化循环水养殖设备在实际生产中的推广的应用，高密度、小水体的生产条件对水质的要求也更加严格。
因此，应用具有高效、快速特点的臭氧进行水质处理的技术也就应运而生。新的消毒杀菌技术不断涌现，它们克服了传统药物消毒的残留和安全缺点，具有高效经济和绿色环保等优点。
由于臭氧与传统的水处理方法相比有许多优势，目前也是工厂化循环水养殖中水处理的关键技术之一，消毒杀菌技术是工厂化循环水养殖中的有利保障。
工厂化循环水养殖的消毒对保持水生生物的健康至关重要，臭氧提供有效的消毒，而不产生有害的副产品或化学残留物，臭氧处理降低了疾病的数量，延长了水产养殖的寿命。
臭氧是一种强大的氧化剂，可以消毒和氧化有机污染物，同时增加水的溶解氧水平，最终的结果是卓越的水质，这是工厂化循环水养殖的一个基本要求。
由于水处理具有反应快、投量小、半衰期短无残余毒性和二次污染的特点，在水产养殖中特别是工厂化循环水养殖和工厂化育苗的水处理尤为重要，水质的好坏直接影响到养殖的产量，成本和育苗的成败。
用臭氧进行处理，不仅可以杀灭养殖育苗水体中的病菌、活病毒和原水中的藻类。
通过在水产养殖中的应用，已有很好的效果，主要表现在以下几个方面：
１、有效去除水中对养殖生物有害物质；
２、高效消毒，无残留，可降低养殖成本；
３、有效降解有机质含量，增加水中溶氧，净化水质；
４、可促进养殖生物生长，预防病害的发生，提高养殖生物成活率和生长率；
５、除臭效果明显。
对水生动物有害的可溶性铁、锰及重金属、亚硝酸氮氧化成对生物无害的氧化物及硝酸盐、分解硫化氢，对有毒的氰化物、有机锡具有强烈的氧化和遮蔽作用，并能强化水的过滤，具有澄清效果和增加水体中的溶解氧，基于臭氧的这些作用，用于水产养殖和育苗的水处理是完全可行的。
臭氧系统很容易适应大规模的池塘和苗圃，水质的改善导致了死亡率的降低和更健康产品产量的增加，其他好处包括减少用于水处理或疫苗和抗生素的化学添加剂。
臭氧消毒在预防和消除水产养殖系统中的鱼病方面发挥重要作用。
臭氧作为一种氧化剂、消毒剂具有高效、无污染的优点，已被国内外水产养殖广泛应用。对各种微生物具有极强的杀灭作用，又具增氧和净化水质的效果，为工厂化水产养殖和育苗创造了有利的条件。
臭氧尽管杀菌效果较好，但如果过量使用对养殖生物会造成较大危害。因此，在水产养殖过程中，定时、定量、安全、规范使用臭氧非常重要，应采取严格措施尽力避免过量使用；并要防止臭氧溢出造成空气环境污染。
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